蒙自市人民法院内设机构的设置，随着各个时期任务和职能的变化而变化。1950年1月16日，蒙自解放，8月13日正式成立蒙自县人民法院。经过六十五年的发展，人民法院在社会生活中的地位和作用越来越重要，承担的任务也越来越重，审判工作涉及的面越来越广，内设机构设置也发生了重大变化。现在，蒙自市人民法院内设机构有综合办公室（司法警察大队）、政治部、纪检监察组、审判管理办公室、立案庭、刑事审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、行政审判庭、执行局共18个。
　　（一）综合办公室（司法警察大队）
　　当好院领导的参谋助手，对本院全局性问题进行调查研究，适时提出意见和建议，为院领导决策服务；办理院务会及综合性会议事务；负责起草综合性文件、请示、报告、领导讲话稿等文稿，负责文件收发、办理及督促督办工作；负责全院文书的排版、印刷工作；负责宏观调查研究，完成上级法院安排的调研课题、学术论文的组织、协调、收集、报送工作。负责《蒙自法苑》编辑印发及信息宣传工作，每季度发行一期；负责完成本院普法工作任务；负责本院党组会议记录，负责办理党组会议决定的相关事项；负责文秘、档案资料管理工作；负责本院的保密工作，社会管理综合治理工作；负责业务书刊、报刊的征订、发放工作；负责机关的环境卫生、协助法警大队做好机关安全保卫工作；协调本院各部门的工作；负责人大、政协联络工作，负责人大代表、政协委员建议提案的督办；负责对办公室工作的调研，完成院领导交办的其它工作。
　　（二）政治部
　　在院党组领导下贯彻执行党的路线、方针、政策，负责思想政治工作和本院的政治理论学习及宣传工作；负责做好人是管理（含离退休人员的管理）及干警教育工作，负责考核干警实绩及办理干警任免手续，提出表彰先进的建议，制定完善思想政治教育、考核、出勤、上下班等管理制度；办理本院法官考评委员会会议的决定事项；负责考察选调适合法院工作的人员；负责收集思想反映，定期收集各庭、局、室、队、组考勤表，检查督促落实岗位目标责任制的施行，配合纪检组督促落实执行责任制的施行。
　　（三）纪检监察组
　　负责监督、检查全院干警执行国家法律、法规、政策以及行政纪律情况；协助纪检组长抓好党风廉政建设和反腐败宣传教育工作；受理群众控告、检举本院干警违法违纪问题的来信来访负责本院规章制度贯彻落实情况的日常督查工作，认真执行“每周一督查、每月一通报、每季一考核”工作制度；协助纪检组长做好对违法违纪案件的查处工作；负责党风廉政建设目标管理责任制的制定、组织和考核工作；按照本院规定，做好信息调研工作；履行本部门其他工作职责。
　　（四）审判管理办公室
　　负责组织开展全市法院司法状况考评工作；负责全市法院审判公开工作的检查、指导、考核以及本院机关审判公开的日常管理工作；负责省法院对全市两级法院司法状况考评的组织及协调工作；负责对本院机关案件审理过程中的立案、排期、审理、送达等各环节的工作质量、时限、程序进行规范、监督管理；负责本院机关的审判流程管理工作；负责本院机关的案件质量评查工作；负责本院机关审判工作业绩考核工作；负责审判委员会办公室的日常工作；负责人民陪审员参加审判活动的日常管理工作；负责司法统计及绩效考核工作；指导、监督基层人民法院工作。
　　（五）立案庭
　　依法办理审查立案工作；审查刑事（含刑事自诉）、民事、行政案件的起诉和执行案件的申请，决定是否受理，对决定受理的案件依法核算诉讼费，做好证据保全和案件扫描工作； 对上级法院移送、发回重审的案件进行登记、立案，对其他法院移送的案件进行审查，决定是否立案；负责被上级法院发回重审、全部改判、部分改判案件的登记；负责国家赔偿案件的立案； 负责诉前保全申请的审查、立案；加强对法庭立案工作的指导，定期进行检查；负责应由本院依法受理的其他案件的审查、立案；负责来信登记、转办和来访接待、登记、处理工作；审查申诉、申请再审案件，不予立案的通知驳回；认为应该立案的提请院长提交审判委员会讨论决定是否立案；负责中院调卷案卷的登记、调卷和交办案件的复查汇报； 配合做好院长接待日的接待工作；负责司法统计工作，制作全院数据报表和案件归口移送工作；总结立案工作中的经验，分析立案工作中存在的新问题、新课题，不断提高立案工作水平；领导交办的其他工作任务。
　　（六）刑事审判庭
　　 负责审理本院一审刑事案件，上级法院指定本院审理的刑事案件；积极参与社会治安综合治理，宣传法律知识；依法对可能判处财产刑、责令退赔的被告人的财产状况进行调查，并根据具体情况采取相应措施；负责总结刑事审判工作经验。负责对刑事案件的调研，不断总结新经验，发现新情况，解决新问题，提出新举措，推动刑事审判工作的顺利开展；负责完成院领导交办的其他工作。
　 （七）民事审判一庭
　　负责审判蒙自市辖区内本院管辖的一审婚姻家庭、子女抚养、民间借贷、民事侵权等案件；负责审判上级法院指定本院管辖的民事案件；负责本庭审理案件的法律文书送达、卷宗装订、电子卷宗制作、归档；负责本庭审理案件的诉讼保全工作；决定本庭审理案件的诉讼费用收取，按规定办理减免诉讼费手续；案件审结率全年不低于95%；负责总结民事审判工作经验及调研工作；协助其他庭室审理民事、刑事、行政案件，协助执行局执行案件；完成院领导交办的其它工作。
　（八）民事审判二庭
　　 负责除文澜镇外其他乡镇的审判工作。依法审理本庭辖区内的第一审婚姻家庭、继承、宅基、相邻关系、人身损害赔偿、雇员损害赔偿、土地使用权纠纷等案件；做好诉讼指导工作，为当事人依法、充分、有效行使诉讼权利提供服务；加做好本庭所承办案件统计和统计数据的报送工作；做好日常接待工作，宣传法律法规，耐心解答当事人和相关人员提出的法律问题，做好当事人的思想疏导和服判、息诉、罢访工作；指导辖区人民调解组织的工作；开展民事纠纷调解、人民调解司法确认、民调组织培训、人民陪审员联络、法制宣传工作和维稳等工作，按照本院规定，做好信息调研工作；履行本部门的其他工作职责。
　　（九）行政审判庭
　贯彻党的路线、方针、政策，执行国家法律、法规，落实上级法院和本院制定的工作制度；审理法律规定由本院管辖的各类行政案件；审查法律规定由本院管辖的行政机关申请执行其具体行政行为的案件；开展调查研究，研究行政审判工作中出现的新情况、新问题，探索解决问题的办法，总结行政审判工作经验，提高行政审判工作水平，及时做好行政审判信息工作；完成院领导交办的其他工作任务。
　　（十）执行局
　　执行局内设综合组、执行组、裁判组，执行局负责组织开展本院的执行工作。
　　执行组的职责：主要负责实施执行实施权等工作，即（1）执行财产查控和执行财产处置工作（含刑事财产查控）；（2）撰写与职责相关调研文章（每年不少于一篇）；（3）局长交办的其他工作。
　　裁判组的职责：主要负责实施执行裁判权等工作，即(1)执行异议、复议的审查（含执行听证），裁判工作；(2)对案件的讨论、总结；(3)对案件裁判的审核；(4)处理执行信访；（5）撰写与职责相关调研文章（每年不少于一篇）；（6）局长交办的其他工作。
　　综合组的职责：主要负责执行协调、管理等工作，即(1)分案、结案、案件归档；(2)协助、委托执行；(3)信息收集、上报，开展宣传、调研工作；(4)组织学习；(5)委托评估、拍卖；（6）局长交办的其他工作。